Fou el millor tennista del món el 15 de març del 1999, i es convertí en el primer espanyol en assolir el lloc més alt del rànquing de l'ATP des del 1973. Durant els següents anys no pogué mantenir el nivell però sempre es mogué entre els deu primers. Després d'un 2004 ple de lesions, la victòria amb Espanya en la Davis, en la qual Moyà tingué un paper fonamental, semblava que seria el punt d'inflexió cap a una recuperació física i mental que l'havia de fer tornar a l'elit del tennis. I així començà la temporada, sumant el primer títol en joc a Chennai, a l'Índia. Però fou un miratge. Dues setmanes després perdé en primera ronda de l'Open d'Austràlia, el Grand Slam que el va fer famós en el 97, quan arribà a la final amb just 20 anys. Fou una gran decepció. Els eterns problemes físics van aparèixer de nou, aquest pic a l'espatlla, i Moyà alternà renúncies a la competició, la més dolorosa a Wimbledon, amb derrotes en primera ronda de torneigs en els quals sempre havia aconseguit bon resultats, com són Sydney, Montecarlo, Roma o Mont-real.
A punt de complir 29 anys, Moyà viu l'explosió del fenomen Nadal davall la seva ombra. Ha passat en sis mesos de ser el número 5 del món a baixar fins al lloc 24 de la Cursa de Campions i al 33 de la Llista d'Entrades. Mai havia sumat tan pocs punts com aquesta temporada. Estam vivint el final de la seva carrera?