L'italià Max Biaggi (Yamaha M 1) aconseguí la seva segona victòria de la temporada en el Gran Premi de Malàisia de Moto GP, en què Valentino Rossi (Honda RC 211 V) protagonitzà una gran remuntada que li va impedir lluitar pel triomf ja que es va veure frenat algunes voltes pel seu company Tohru Ukawa. Carlos Checa (Yamaha M 1) va ser el millor espanyol de la cilindrada acabant en setena posició i sense tenir opcions de lluitar amb el cap de la cursa.
D'altra banda a la categoria dels 250 cc «Fonsi» González Nieto (Movistar Aprilia) guanyà amb autoritat la seva prova i un cop de sort li retornà les seves opcions a lluitar pel títol mundial fins al final amb Marco Melandri. Fonsi sortí de bon començament per totes, des de la primera volta i que ja va ser definitiu des de la primera volta, però el que ningú esperava va succeir. Un dels dos cilindres de l'Aprilia de Melandri no funcionà bé i deixa sense corrent la bugia. L'abandonament es va fer obligat i dóna un bri d'esperança al pilot madrileny.
La categoria dels 125 cc va conviure amb la polèmica. La direcció de la cursa acceptà la reclamació de l'equip Gilera per considerar que s'havia mostrat la bandera de quadres abans del pas del guanyador. Aquesta situació, comprovada amb el vídeo de la carrera, donà la raó al conjunt Gilera, segons tipifica l'article 1.23.3 del Reglament dels Grans Premis.
La classificació, per tant, s'ha d'establir a la darrera volta completa que realitzen tots els pilots i en què el pilot de San Marino Manuel Poggiali, en lloc de caure, va passar per l'arribada en quart lloc. Aquest fet tingué com a principal perjudicat Pedrosa, que passa de la segona posició a la tercera. Arnaud Vincent, primer classificat, no es va veure afectat. Aquesta reclamació ha canviat totalment el panorama del títol mundial.
