La història recent del Reial Mallorca a Primera Divisió començà la campanya 1996/1997 amb l'ascens a Vallecas. El conjunt vermell arribava a la 32a jornada al cap davant de la classificació, però una ratxa de dues victòries en set partits feren perdre els nirvis a la directiva mallorquinista, que destituí el tècnic Víctor Muñoz per a col·locar en el seu lloc a Tomeu Llompart. Amb l'entrenador mallorquí, el conjunt palmesà sumà tres victòries, un empat i dues derrotes, perdent d'aquesta forma les opcions d'ascens directe i havent de jugar, com la temporada anterior, la promoció a Primera enfront el Rayo Vallecano. Barbero donà el triomf als illencs en el partit d'anada, confirmant-se l'ascens quatre dies més tard a Vallecas, el 29 de juny de 1997, després que els vermells caiguessin per 2-1 a Madrid emportant-se l'eliminatòria gràcies als gols aconseguits fora de casa (Carlitos).

El retorn del Reial Mallorca a la màxima categoria del futbol espanyol no hagués pogut començar millor. L'arribada d'Héctor Cúper i els "argentins" (Roa, Mena, Amato i un any més tard Ibagaza i Biagini), a més d'altres jugadors de qualitat com Stankovic Iván Campo, Engonga o Valerón, marcaren una de les èpoques més glorioses de l'entitat palmesana.

En la temporada 1997/1998 el conjunt illenc finalitzà en cinquena posició a la Lliga, classificant-se per a la disputa de la Recopa d'Europa després de caure en la final de la Copa del Rei davant el FC Barcelona (29 d'abril de 1998). El xoc contra els culers a Mestalla fou èpic. El Mallorca aguantà tota la pròrroga amb 9 homes per les expulsions de Romero i Mena, a més de tenir Stankovic lesionat. En la tanda de penals el jugador serbi va tenir la victòria en els seus peus, però el seu xut sortí fora i el Mallorca acabà perdent després que Ruud Hesp aturàs el darrer penal a Eskurza.

Les prestacions de l'equip de Cúper pujaren encara més la campanya 1998/1999. El Mallorca començà la temporada revenjant-se del Barça en la final de la Supercopa d'Espanya, imposant-se primer 2-1 en el partit d'anada (Stankovic i Dani) i després en la tornada, disputada el 22 d'agost de 1998, per 0-1 (Dani). En la Lliga, els vermells acabaren en tercera posició, perdent la segona en la darrera jornada després de caure 3-0 a València, permetent així el Reial Madrid assolir el subcampionat.

Si el seu camí a la Lliga fou espectacular, no ho fou menys a la Recopa. El Mallorca disputà la darrera final d'aquesta competició (19 de maig de 1999), abans de fusionar-se amb la Copa de la UEFA, perdent a la final contra el Lazio italià per 2-1 (Dani) a l'estadi Villa Park de Birmingham.

La marxa de Cúper l'any següent (1999/2000) pesà en les prestacions de l'equip. L'hereu a la banqueta, el seu compatriota Mario Gómez, no passà de la segona jornada després que l'equip caigués en la fase prèvia de la Lliga de Campions amb el feble Molde noruec, ocupant el seu lloc Fernándo Vázquez. Amb el gallec al comandament, l'equip vermell finalitzà la temporada en desena posició, classificant-se per a la disputa de la Copa Intertoto. A més, després de caure en Champions, l'equip passà a disputar al Copa de la UEFA, on arribà a quarts de final per caure contra el Galatasaray després de deixar pel camí pesos pesant europeus com el Mònaco o l'Ajax d'Amsterdam.

La temporada 2000/2001 fou la de Luis Aragonés i la de l'eclosió de Samuel Eto'o. Juan Ramón López Caro, entrenador del Mallorca B, dirigí l'equip a la Intertoto enfront el Ceahlaul Piatra romanès. El conjunt vermell, format per jugadors de la pedrera -en el que a les hores militaven jugadors com Álvaro Novo o Dani Güiza, no superà la primera ronda. En Lliga, Aragonès aconseguí situar novament els vermells en la tercera posició de la classificació, en una temporada en la que el Mallorca s'imposà a casa als dos grans del campionat (Madrid i Barça).

Aragonès deixà el Mallorca i el seu relleu a la campanya 2001/2002 l'agafà l'alemany Bernd Krauss. Tot i classificar-se per a la disputa de la fase de grups de la Lliga de Campions, els mals resultats a la Lliga provocaren la caiguda del teutó en la vuitena jornada, propiciant l'arribada del croata Sergio Kresic. El balcànic tampoc no acabà la temporada, ocupant el seu lloc els dos darrers partits de Lliga Tomeu Llompart. El Mallorca es salvà en la darrera jornada després de superar per 2-1 el Valladolid, finalitzant en el setzè lloc de la classificació. L'equip vermell no superà la fase de grups de la Champions, però en el seu debut a la màxima competició Europea (11 de setembre de 2001) s'imposà a Son Moix a l'Arsenal anglès per 1-0. La tercera posició aconseguida en la fase de grups li permeté passar a la Lliga Europa, on fou eliminat a les primeres de canvi per l'Slovan Liberec txec.

La campanya 2002/2003 fou la de la Copa del Rei. Amb Gregorio Manzano a la banqueta el Mallorca finalitzà la temporada en onzena posició, sense passar la penada de l'any anterior. El gran èxit d'aquest equip fou el triomf en el torneig del K.O. Després de desfer-se en quarts de final del Reial Madrid, amb un 4-0 inclòs a Son Moix, i el Deportivo de la Corunya, els vermells es plantaren a la final. El rival fou el degà del futbol espanyol, el Recreativo de Huelva, i la final jugada a Elx (28 de juny de 2003) una festa per al Mallorca, que superà els andalusos per 3-0 amb dos gols d'Eto'o i un altre de Walter Pandiani.

La derrota en la Supercopa d'Espanya contra el Reial Madrid obrí la temporada 2003/2004. El portuguès Jaime Pacheco inicià la campanya al cap davant de l'equip, però tan sols durà cinc partits de Lliga, i després d'una jornada amb Llompart a la banqueta arribava novament Luis Aragonès per posar ordre en les files vermelles. El Sabio de Hortaleza portà a l'equip fins l'onzè lloc de la classificació i als vuitens de final de la Copa de la UEFA, on foren eliminats pel Newcastle anglès en la darrera aparició europea (25 de març de 2004) de l'entitat palmesana.

La Lliga 2004/2005 tornà a ser de patiment per als seguidors mallorquinistes, poc acostumats a veure el seu equip deambular per la zona baixa de la classificació. Benito Floro fou el primer entrenador de l'equip i, com havia passat la campanya anterior, Llompart dirigí l'equip una jornada (la novena) abans del retorn d'Héctor Cúper. L'entrenador argentí aconseguí salvar l'equip la darrera jornada de Lliga, això sí, gràcies a la derrota del Llevant a Vila-real.

L'efecte Cúper s'acabà d'esvair la següent temporada (2005/2006), quan fou destituït després de la vint-i-tresena jornada del campionat. Manzano tornava a un Mallorca que era coer a la classificació i que s'aconseguia salvar amb una jornada de marge per acabar l'any en tretzena posició.

El tècnic andalús obrí un cicle de certa estabilitat esportiva en les quatre temporades següents, en les que l'equip mostrà una línia ascendent. La campanya 2006/2007 es salvaren amb solvència, finalitzant en el dotzè lloc. Un any més tard (2007/2008) l'equip quedà setè a la Lliga, a tan sols un punt de ficar-se a la Lliga Europa i amb Dani Güiza com a pitxixi de la competició amb 27 gols. En la temporada 2008/2009 el Mallorca acabà novè i un any més tard (2009/2010), l'andalús aconseguia ficar l'equip en la Lliga Europa després d'acabar sisens a la Lliga amb 62 punts. El darrer partit d'aquesta campanya fou dramàtic. Amb el xoc a Palma acabat, el Mallorca estava classificat per a la Lliga de Campions, però un gol a Almeria del sevillista Rodri (2-3) acabà donant el quart lloc de la taula als del Nervión.

El Reial Mallorca no arribà a disputa la competició europea que s'havia guanyat al camp. La temporada 2010/2011 començà amb la notícia que la UEFA, instigada pel Vila-real, havia deixat fora d'aquesta competició als illencs degut al procés concursal que vivia l'entitat. A la Lliga, l'equip palmesà feu una bona campanya a les ordres del danès Michael Laudrup, que es complicà de valent en el tram final. El Mallorca, que a falta de cinc jornades estava pràcticament salvat, no tornà a guanyar cap partit, i en el darrer xoc de la temporada va estar a punt de baixar a Segona després de caure per 3-4 amb l'Atlètic de Madrid. No obstant això, el triomf del València per 0-2 a la Corunya salvà els mallorquins en detriment dels gallecs.

Les discrepàncies entre el tècnic danès i el màxim accionista del Mallorca, Llorenç Serra Ferrer, acabaren amb la destitució de l'entrenador després de la sisena jornada de la campanya 2011/2012, propiciant l'arribada de Joaquín Caparrós. En mig, Miquel Àngel Nadal s'estrenà com a entrenador de Primera amb un empat (2-2) a El Sadar. El Mallorca de Caparrós feu una bona campanya, finalitzant la Lliga en vuitena posició i quedant a tan sols tres punts de la classificació europea.

Amb els precedent de la temporada anterior i el començament de la 2012/2013, ningú no podia preveure que aquest seria el final de la millor ratxa del Mallorca a Primera Divisió. Els problemes institucionals de l'entitat, la mala planificació de l'equip i les lesions, ficaren el conjunt de Caparrós en una espiral negativa que portà l'equip a estar catorze partits seguits sense conèixer la victòria. La paciència de Serra Ferrer durà fins a la vint-i-tresena jornada, quan contractà novament Gregorio Manzano per intentar redreçar el rumb de l'equip. El de Bailén fracassà en la missió i després de setze anys seguits a Primera Divisió ahir al Vicente Calderón es confirmava el descens del Mallorca a Segona Divisió.