El comando Madrid estava format per dos legals, els detinguts i Rubenach

Les forces antiterroristes consideren que el nucli del comando Madrid fou desarticulat amb la detenció d'Aitor García Aliaga i d'Ana Belén Egües, dos dels membres alliberats de què disposava el grup. El tercer era Juan Luis Rubenach, que continua com a fugitiu en parador desconegut. La Policia creu que la infraestructura del grup etarra ha estat desmantellada amb la confiscació del pis franc que els terroristes tenien a Salamanca i dels tres pisos escorcollats a la capital. No obstant això, les Forces de Seguretat de l'Estat cerquen ara Rubenach i els dos membres legals del comando. Així, la Policia va escorcollar la nit de dimarts els dos pisos de la capital on habitaven Zubiaga i Gallastegi.

El pis on vivia Zubiaga està situat en el número 6 de l'avinguda Donostiarra, i al carrer Virgen de la Consolación, 8 residia Lexuri Gallastegi, que és germana d'Irantxu Gallastegi, àlies «Amaia», una veterana del comando Donosti detinguda a França el 9 de març del 1999. En els mateixos domicilis es confiscaren dues pistoles, DNI falsos, plaques de matrícula, un escànner per escoltar les comunicacions de la Policia, passamuntanyes, i documentació diversa.

Els membres del comando residien amb altres persones alienes a l'organització, especialment immigrants sud-americans, en pisos de lloguer per camuflar-se millor i fer impossible que es pogués desarticular el grup en una sola operació de les forces espanyoles antiterroristes. En la seva declaració, els etarres detinguts reconegueren que tenien controlat el cotxe oficial de Junquera, però que no sabien qui era el seu ocupant. Els terroristes disposaven d'una llista d'objectius per cometre atemptats.